Neben der Veröffentlichung des Marburger Jahrbuches Theologie und den internen Tagungen ist das jährliche Graduiertenkolleg ein Hauptarbeitsfeld des Theologischen Arbeitskreises Pfullingen. 

Auf dem Graduiertenkolleg werden die Beiträge des aktuellen Marburger Jahrbuches Theologie in Kleingruppen unter Anleitung von Mitgliedern des TAP diskutiert und dazu im großen Plenum mit dem Verfasser des Beitrages besprochen. So entsteht eine besonders intensive Auseinandersetzung mit den Texten im produktiven Miteinander von Mitgliedern des TAP und Teilnehmern des Graduiertenkollegs.

Veranstaltungsorte sind für gewöhnlich Gästehäuser der Kirchen.